Un periodo storico che ha particolarmente richiamato l'attenzione degli studiosi è stato quello di Amarna, così designato dal nome moderno del sito in Medio Egitto in cui il faraone Amenhotep IV/Ekhnaton aveva fondato la città Akhet-Aton (L'orizzonte di Aton), in cui aveva posto la sua residenza.
Da quando l'archeologia ha consentito, dopo aver riportato alla luce una serie di sculture di sconvolgente fattura, di infrangere la “damnatio memoriae” di cui tale epoca della storia egiziana era stata fatta oggetto fin dall'età Ramesside, gli studi e le polemiche tra gli egittologi si sono succeduti senza sosta.
Il problema principale, è se Ekhnaton debba considerarsi il fondatore di una religione monoteista, la prima della storia.
Attualmente si dispone di un Inno ad Aton, a tratti simile ad un salmo della Bibbia, ma nessuno fino ad oggi ha realmente portato argomenti stringenti per dimostrarlo, per cui il problema rimane aperto.
Non si trattò di un problema storico-religioso. È evidente la sua connessione politica come il cambio del nome da Amenhotep IV a Ekhnaton, l'abbandono della residenza regale di Tebe per fondarne una nuova a Tell el-Amarna, a cui fu dato il nome di Akhet-Aton, la rottura con il Clero Tebano del dio Amon che costituiva un centro di potere che minava le prerogative ed il potere della dinastia regnante, e la conseguente persecuzione del Dio Amon resa evidente dallo scalpellamento del suo nome da tutti i monumenti. Ciò conferma il carattere di un'operazione politica, non religiosa, perchè i nomi di tutti gli altri dei, rimasero intatti al loro posto.
Per Ekhnaton il cambiamento del nome equivaleva alla cancellazione della identità precedente e ad una specie di rinascita in un mondo governato da Aton, il disco solare.
Sappiamo che tra padre (Amenhotep III) e figlio (Ekhnaton) c'è stata una coreggenza di 12 anni, e che quindi quest'ultimo è rimasto sul trono d'Egitto come unico re per un periodo di soli cinque anni, poichè l'ultima data che possediamo del suo regno è l'anno 17, che è certamente anche quello della sua morte.
E' difficile ammettere che un regno durato solo cinque anni possa aver avuto un grande peso nella storia del paese; già i dodici anni che corrono tra l'abbandono di Tebe e la morte di Ekhnaton ci appaiono un periodo di tempo brevissimo per le molte cose che sono avvenute in esso. Molto discussa rimane la parte finale del regno del sovrano "eretico", non sappiamo cosa sia avvenuto dopo la sua morte: le opinioni sono discordanti soprattutto nella fase di passaggio tra Ekhnaton e Tutankhamon.
Il successore Smenkhara è un'ambigua figura, molti studiosi pensano che sotto tale nome si nasconda in realtà Nefertiti (moglie di Ekhnaton). Secondo l'ipotesi recente, sarebbe comunque sicuro che il successore del sovrano sia stata una donna: Meryt-Aton, figlia di Ekhnaton e Nefertiti. Il problema è reso ancor più complesso dalla difficoltà di comprendere chi fosse sepolto nella tomba tebana designata come KV55. Le più recenti indagini medico-legali sullo scheletro ivi ritrovato, hanno portato alla conclusione che si tratti di uno scheletro maschile, dell'età di venticinque anni al massimo, il che escluderebbe che si tratti di Ekhnaton che molti ritengono potesse avere dai trenta ai trentacinque anni al momento della morte: riprenderebbe allora vigore l'ipotesi che si tratti di Smenkhara, chiunque si celi sotto questo nome.
Il punto debole di tali ragionamenti è che noi ignoriamo a quale età Ekhnaton sia salito sul trono e quindi non sappiamo neanche l'età in cui è morto. L'unico debole indizio che possiamo usare per stabilire quanti anni avesse al momento dell'ascesa al trono è dato da un elemento esterno, cioè dall'inizio della fertilità di Nefertiti che ha avuto la prima figlia forse nell'anno II. Ma si tratta di un indizio debolissimo. L'ipotesi che sembra oggi prevalere è che lo scheletro della tomba KV55 sia proprio quello di Ekhnaton.